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    Durante los ciclos de síntesis, y en cada adición de base, aproximadamente el 1% de los oligos no incorporan la base adecuada. Esto conduce a la formación de mutantes de deleción. Esto puede ocurrir en cualquier lugar dentro de la secuencia y da lugar a una mezcla de oligos de longitud total, productos truncados, y oligos con deleciones internas. Por esta razón, su elección de purificación se debe basar en varios factores, incluyendo en qué lugar utilizará su oligo, la longitud del oligo, y si quiere añadir modificaciones al oligo. Como regla general, cualquier oligonucleótido con más de 40 bases, puede recibir más etapas de purificación, pero tenga en cuenta que purificaciones adicionales se traducirán en una disminución en el rendimiento final de oligo.


    • Para algunas aplicaciones, como PCR o secuenciación, la purificación por desalinización es muy recomendable debido a que los truncamientos y supresiones no afectará considerablemente los resultados. • Si tiene un oligo grande sin modificaciones, deberá pedir la purificación cartdrige, ya que los fragmentos más cortos y las sales potenciales son eliminadas. El resultado es un oligonucleótido purificado libre de sales no deseadas. De acuerdo con nuestra experiencia, la purificación obtenida con estos métodos se encuentra dentro del rango de pequeños oligos no modificados (hasta 30 bases) muy similares a la observada después de la purificación por HPLC. 


    • Para otras aplicaciones, como la clonación, mutagénesis y el cambio de gel, el tamaño del producto final es de suma importancia, y la purificación PAGE debe ser fuertemente considerada. La  purificación PAGE es el resultado del más alto nivel de pureza en términos de larga duración del producto, y su oligos tendrá al menos el 90% del tamaño total. La purificación PAGE puede dañar algunas modificaciones, incluyendo fluoróforos utilizados y algunas modificaciones utilizadas para la ligación. La purificación PAGE debe ser evitada por las siguientes modificaciones: Cualquier fluoróforo, Acrydite, modificadores Amino, Biotina, Digoxigenina, o Linker, el Espaciador 18 y Modificadores de tiol. En estos casos, HPLC o IE-HPLC serían los métodos de purificación adecuados.


    • Si precisa de un producto limpio y también necesita un rendimiento mayor, debe optar por HPLC para oligos de hasta 50nts y más. También debe tener en cuenta los tipos de modificaciones de su oligo a la hora de elegir un método de purificación. El proceso de purificación es controlado y documentado por espectroscopia de UV. Esto permite que la concentración del producto puro se realice eligiendo el pico deseado, o "calidad del corte", por lo que cualquier otro pico no será seleccionado. Para Oligonucleótidos modificados, el RP-HPLC es el método de elección.

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